Cenni storici   Il palazzo che ospita l'attuale Museo fu iniziato nel 1586 come cavallerizza su commisione di Don Pedro Giron, duca di Ossuna e viceré di Napoli dal 1582 al 1586. Nel 16 12 Don Pedro Fernando de Castro, conte di Lemos e viceré di Napoli dal 1610 al 1616, incaricò l'architetto Giulio Cesare Fontana di progettarvi la nuova sede dell'Università (o "Palazzo dei Regi Studi" o "Palazzo degli Studi Pubblici"). Trasformato alla fine del XVIII secolo dall'architetto Pompeo Schiantarelli in "Real Museo" e "Palazzo dei Vecchi Studi", il nuovo Museo ospitava le collezioni archeologiche provenienti da Ercolano, Pompei e Stabia. Infatti, Ferdinando IV di Borbone, succeduto al padre Carlo III passato al trono di Spagna nel 1759, vi trasferì fra il 1806 e il 1834  la raccolta di Capodimonte (ex collezione Farnese) e le raccolte della Villa Reale di Portici, del cardinale StefanoBorgia e di Carolina Murat. Sempre nel 1806 moltissimi pezzi delle collezioni artistiche e archeologiche del Museo furono trasportati a Palermo, in Sicilia, dove i sovrani borbonici si trasferirono dopo gli eventi della rivoluzione Partenopea e l'insediamento di Gioacchino Murat a Napoli. Dieci anni dopo, con la seconda restaurazione borbonica, l'edificio fu denominato "Real Museo Borbonico". Esso in seguito accolse la collezione di Stefano Borgia di Velletri comprendente numerose sculture greco-romane e in particolare le antichità egiziane, cui si aggiunsero nel 1827 quelle della raccolta Picchianti,così da formare complessivamente un'importante collezione, attualmente presente nel Museo, che documenta, tra l'altro, la diffusione della cultura egiziana nel Mediterraneo fra l'VIII secolo a.C. e l'età romana. Finita la dominazione borbonica, il Museo fu titolato "Nazionale" da Garibaldi, inglobando le collezioni archeologiche, artistiche e bibliografiche dai re Carlo III, Ferdinando IV, Francesco I e Ferdinando II di Borbone. Inoltre il Museo era stato sede di istituzioni prestigiose, quali la Società Reale Borbonica e l'Accademia di Belle Arti. Nel periodo compreso fra il 1863 e il 1875, l'archeologo Giuseppe Fiorelli cominciò la riorganizzazione delle numerose collezioni del Museo, continuata poi dall'archeologo Paolo Orsi, che propose dieci sezioni espositive: 1) plastica (statue e bassorilievi); 2) pitture; 3) epigrafi; 4) vasi; 5) oggetti preziosi; 6) monete e medaglie; 7) terrecotte; 8) "raccolta cumana"; 9) quadri e raccolte d'arte medievale e moderna; 10) papiri. La proposta di Orsi fu adottata e modificata dallo storico Ettore Pais (direttore del Museo fra il 1901 e il 1904) che, per illustrare la storia dell'arte antica e del ritratto, sistemò le sculture al piano terra dell'edificio, la pittura murale pompeiana ed  al piano ammezzato, i "piccoli bronzi" al piano superiore, gli oggetti preziosi e la raccolta numismatica al secondo piano. Il nuovo direttore dal 1910 al 1924, l'archeologo Vittorio Spinazzola, assegnò per la prima volta una sezione autonoma ai mosaici di Pompei ed Ercolano. Allo stesso Spinazzola e al successivo direttore del Museo, l'archeologo Amedeo Maiuri, si deve l'attuale sistemazione delle collezioni. Dal 1957, dopo che la Biblioteca fu trasferita nel Palazzo Reale in piazza Plebiscito e la Pinacoteca nel Palazzo di Capodimonte a Napoli, il Museo è stato destinato alle sole raccolte di antichità.